知识产权的司法保护主要通过提起侵权诉讼来实现，知识产权侵权诉讼属于民事诉讼的一种，法院奉行“不告不理”的原则。当权利人发现侵权人的侵权行为时，可以通过向法院提交主体资格证明、权利证明、诉状和证据等来发起诉讼，法院在正式受理后，会向侵权人转送案件材料并责令其在一定期限内进行书面答复。接下来，法院通常会组织证据交换开庭、正式开庭，以便于双方充分发表意见，使法院可以充分地了解案情，并根据在案证据作出判决。
中国的法院分为四级：基层法院（县区级）、中级法院（市级）、高级法院（省级）和最高法院（国家级）。根据法律规定，民事诉讼是两审终审：当第一审法院作出判决后，不服判决的一方可以选择上诉，而二审法院作出判决后，该二审判决即是本案的终审判决。对于不同知识产权类型的案件，一审法院的级别也有所不同：商标案件和著作权案件案情相对简单，高级法院、中级法院和一些授权的基层法院均有权审理；对于专利案件，由于案情相对复杂（需要进行特征比对，往往涉及专业技术知识），只有高级法院、知识产权专门法院（北京知识产权法院、上海知识产权法院和广州知识产权法院，其中广州知识产权法院目前可以跨区管辖）和授权的中级法院有权审理一审的专利侵权案件。
同时，最高法院也在积极推进地方建立专门的知识产权法庭来实现跨区管辖。截止目前，最高人民法院已授权天津、长沙、西安、杭州、宁波、济南、青岛、福州、合肥、深圳、南京、苏州、武汉、成都、郑州、南昌等多个城市的中级人民法院设立专门的知识产权法庭，在相关区域内实行跨区管辖。
根据2018年10月26日全国人大常委会通过的《关于专利等知识产权案件诉讼程序若干问题的决定》，有关发明专利、实用新型专利、植物新品种、集成电路布图设计、技术秘密、计算机软件、垄断等专业技术性较强的知识产权民事案件的二审，将由最高人民法院直接审理，《决定》于2019年1月1日起施行。
1。1司法保护的优势：
· 终局性
法院在整个的国家法律体系中具有被动性和终局性的特点，与之相比，行政机关作出的决定是可诉的；
· 震慑力强
一般社会公众对于法院的权威性比较信服，大部分的判决书也会向社会公众公开，被判侵权的相关公司的名誉会受到减损，能够实现很好的震慑效果；
· 保护具有完整性
司法保护除了可以保护知识产权的财产权利，可以监督行政机关的行政执法，还可以对严重侵权知识产权构成犯罪的行为予以刑事制裁；
· 判决金钱赔偿
法院在侵权判决中既包括对侵权人的永久禁令（停止生产、制造、销售和许诺销售等行为），也包括金钱赔偿。为了得出一个相对合理的判赔额，法院会结合案件的具体情况，并考虑权利人的损失和侵权人的获益等因素，最后作出包含具体判赔额的侵权判决，此处的判赔额也包含权利人为制止侵权行为所支出的合理开支，包括律师费、公证费等。
1。2司法保护的劣势：
· 诉讼周期长
知识产权案件相对比较复杂，因此与普通的民事诉讼相比，诉讼周期往往较长。商标侵权案件和著作权侵权案件的一审诉讼周期大概是6-9个月，而专利侵权案件的一审诉讼周期大概是6-12个月。对于某些复杂的专利侵权案件，加上无效程序及可能的确权行政诉讼，一个专利侵权案件能够最终尘埃落定往往需要几年的时间。
· 维权成本高
权利人在立案时需要依据索赔额预先缴纳相应的诉讼费，同时也要承担调查取证的费用、出庭的差旅费和律师费等费用。此外，由于知识产权案件的侵权行为往往具有隐蔽性，很多案件中的证据较难获得，如申请诉前禁令、证据保全和财产保全时，还要提供相应的财产担保。
· 举证责任重
知识产权证据具有无形性、技术复杂、难于辨识等特点，原告的举证责任较重，侵权行为的隐蔽性给权利人的维权造成了很大困难。
