申请专利本质上是一种公开换保护的交易。申请人向社会公开技术资料，公权力审查授予其一定期限的专利权。但是专利保护的客体范围有限，专利行权也需要成本，这就决定着相当多的技术成果是以商业秘密的形式保护的。在很多行业中，商业秘密的保护形式有时还更加重要。
所以申请人在对技术成果采取保护措施，往往遇到的第一道难题就是专利申请与技术秘密之间的权衡。这个问题其实并不简单。
实践中，许多单位申请专利往往是“身不由己”，因为产品最终要上市，竞争对手迟早会看到，不申请专利相当于提供一个样板供人模仿。
在这种情况下，申请专利与否一般以竞争对手通过反向工程获得的信息为界限。也就说，产品一旦公开，竞争对手能够反向工程获知的，都申请专利进行保护。竞争对手没有办法看到或者推测出的信息，就通过技术秘密保护。
在技术秘密保护与专利申请之间进行选择，这是最简单的权衡方式。
到底哪些信息是可以反向工程得到的，哪些不能？这需要对技术有相当的理解，反向工程本身就是一件非常专业的事情。
企业专利申请最理想的状态是公开了最少价值的技术资料，获得了最宽的保护范围。竞争对手看到专利，获得不了有价值的信息，投入了很多研发力量，最终得出的成果却依然落在了专利的保护范围内。
实际上，专利申请与技术秘密保护之间并不必然冲突，很多时候是相辅相成的。专利申请保护外显的结构、功能，而技术秘密则保护实现功能的技巧和关键参数。例如特斯拉的电池管理系统、电机控制系统、电池一致性检测系统都是以源代码等技术秘密的形式保护，基本上未申请专利。
有些企业的管理者可能认为最核心的技术是通过技术秘密的形式保护，只要自己不公开，对方就永远拿不到，但是在实践中，造成了很多的悲剧。内部离职的员工拿走这些技术秘密另起炉灶，企业也无计可施，要知道商业秘密的行权难度比专利的还要大。如果企业对产品进行了周密的专利保护，即使泄露了一些技术秘密，竞争对手实施起来，最终依然很大概率是侵犯专利权的，也不敢模仿。有专利的加持，技术秘密反而会更安全，二者并不必然冲突。
