完善科技创新治理体系，还需要进一步破除体制机制障碍，最大限度解放科技作为第一生产力所蕴藏的巨大潜能。所以，优化科研管理体制机制，健全符合科研规律的科技管理体制，是完善科技创新治理体系的必然要求。
一是优化和完善以信任和包容为前提的科研管理机制。建立以科技创新质量、贡献、绩效为导向的分类评审和绩效评估体系，根据不同类型项目的特点，细化评价指标体系，增强项目评审和评估的科学性。科研管理的核心就是要以科研人员为本，简化科研项目过程管理，减少科研项目实施周期内的各类评估、检查、抽查、审计等活动，对于周期短的科研项目不再开展过程检查，实行关键节点“里程碑”式管理，优化项目验收工作流程，由项目承担单位或项目负责人确定验收方式，既可以选择网络验收、会议验收、现场验收、审核验收等形式，也可以通过购买服务等方式委托第三方机构验收。
二是探索实行科研项目经费“包干制”。项目负责人可以根据科研活动的实际需要自主决定使用项目经费，且不设科目比例限制。实行科研项目“无纸化”管理，对所有项目成员签字实行电子签章，进一步减轻科研人员的负担，为科研人员松绑，赋予科研机构和科研人员更大自主权。
三是健全科技成果转移转化体系。培育专业技术转移转化机构，推动科技成果转移转化，促进科研成果与市场需求对接，针对不同创新主体进行制度安排和设计，对科技成果完成人和对成果转化作出重要贡献的人员给予奖励，不受单位工资总额和绩效工资总量的限制，切实将收入与贡献相匹配。实行以增加知识价值为导向的分配政策，进一步明确科技创新成果处置权、收益权，简化成果转化流程，充分调动科研人员积极性。
