改革开放40年，我国专利保护工作取得了辉煌的成就，但仍然存在以下几个问题。
1、专利数量高、质量偏低
从专利实际使用寿命看。我国专利申请数量持续增长、位居世界各国之首，但专利实际使用寿命偏低。根据《2014年度中国有效专利年度报告》，国内发明专利平均寿命为3.8年，实用新型专利为3.5年，外观设计专利为3.2年；只有很少比例的专利达到最长保护期，其中发明专利仅为0.02%、实用新型专利仅为1.1%，外观设计专利仅为0.5% 。
从发明专利授权比例看。发明专利的含金量是最高的，但我国发明专利授权比例却相对较低。截至2016 年，我国授权的发明专利占比13.2%，授权实用新型占比52.5%，授权外观设计专利占比34.3% 。可见，授权专利中绝大多数系实用新型和外观设计专利。
而且，我国发明专利的授权比例还明显低于国外主体的专利授权比例。截至2016年国外主体在我国申请的专利，其中授权的发明占比77.0%，远高于我国国内主体13.2%的发明专利授权比。
2、专利维权成本高，企业维权难
专利侵权成本低、维权成本高问题也是长期存在。
根据现有制度设计，一个专利侵权诉讼全程打完，原告方往往需要几年甚至十几年才能完结。
根据《2015中国专利调查数据报告》，有62.1%的企业专利权人认为“不能有效地阻止其他市场主体模仿自己的技术创新”是阻碍企业从技术创新活动中获得收益的主要原因。
正是由于专利保护过程需要支付过高的维权成本，很多专利权人最终不得已而选择放弃维权。据统计，有近30%的专利权人不同程度地遭遇过专利权遭受侵犯的情况，其中只有10%的专利权人采取了专利维权措施，而其他20%的专利权人则完全没有采取任何措施。
专利维权成本过高，也势必会导致发明人持续创新动力不足，从而也成为影响科技发展的巨大障碍。
3、专利侵权赔偿数额过低
专利侵权的判赔数额是衡量专利保护水平的一个重要标准。当下在我国有关专利侵权损害赔偿的案件中，有近97% 的案件都是依据专利法的“法定赔偿”方法计算的赔偿金额，专利赔偿平均判赔金额约为8万元。
相比之下，严重低于美国专利侵权的赔偿额，曾有学者针对美国 2007—2012年期间专利侵权案件的赔偿金额做过统计，美国专利侵权案件平均赔偿数额高达2940万元 （人民币）。
在分析专利侵权判赔数额方面，有必要综合参考不同的国情、经济发展阶段、法律制度发展水平等各个要素，但我国专利侵案件赔偿数额明显过低，侵权者只需付出较低成本就可以抄袭使用，由此也助长了专利侵权纠纷的数量。
