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1）商标行政诉讼是因商标行政争议，即在商标管理过程中被处罚人对工商行政管理机关做出的处罚是否合法而引起的争议，而商标侵权诉讼则是侵权人和被侵权人之间因侵权行为引起的民事赔偿争议为对象的。
（2）商标行政诉讼发生在工商行政管理机关和被行政处罚的人之间，被处罚人永远是原告，商标侵权诉讼双方是平等民事主体，在诉讼中地位平等，享有对等的诉讼权利。
（3）商标行政诉讼中的复议选择原则、诉讼不中止原则、优先变更原则等不适用于民事诉讼，民事诉讼中的处分原则、调节原则也不全适用于商标行政诉讼。